En  "Pokemon Mundo Misterioso: Equipo de Rescate Azul/Rojo" no serás un entrenador como en las demás versiones, sino que ahora serás un Pokémon, sin intermediación de humanos.

En este juego, un humano se despertará siendo un Pokémon (el que tu controlas en la aventura), y así es como comenzarás ayudando con tu equipo de rescate. Tendrás que ir por mazmorras formadas por diferentes pisos luchando contra todos los tipo de Pokémon que te encuentres por tu camino, y llegando al final para así cumplir la misión que te hayan ordenado.

La elección del inicial no será igual que en todos los juegos de Pokémon anteriores, sino que esta vez te harán un breve cuestionario de actitud y te otorgarán al que mas se adapte a las características dichas en el cuestionario. Al finalizar ese cuestionario para determinar que Pokémon serás, aparecerá una lista para elegir al compañero de aventuras.

Tu equipo de rescate dispondrá de un lugar donde descansar, recibir el correo... y muchas mas funciones. Ese lugar se encuentra en un pueblo en el que puedes dirigirte al tablón de anuncios para recibir misiones. También puedes depositar tus monedas en la "consigna Kangaskhan", comprar objetos en la "tienda Kecleon", entre otras cosas.

Si la misión es fracasada, podrá ser repetida al día siguiente, pero si por el contrario es superada, tu equipo de rescate conseguirá puntos con los que es posible subir de rango.